バクテロイデスとは短鎖脂肪酸という物質を出して脂肪の吸収を抑えたり燃やしたりする腸内細菌です。逆にファーミキューテスは食べた物を分解して栄養やエネルギーに変えて吸収する働きをする腸内細菌です。
研究の結果、痩せている人にはバクテロイデスが多く、肥満の人には少ないということがわかっています。逆にファーミキューテスは肥満の人に多いと言う結果になっています。発見したジェフリー・ゴードン博士はバクテロイデスを「ヤセ菌」、ファーミキューテスを「デブ菌」と名付けました。
バクテロイデスとファーミキューテスは腸内細菌の日和見菌に分類されています。腸内細菌の理想的な比率は善玉菌2：悪玉菌1：日和見菌7といわれていて、善玉菌と悪玉菌は腸内で常に勢力争いをしています。日和見菌は勢力争いの結果、優勢なほうへ加勢する特徴を持った腸内細菌です。
ですから、善玉菌が優勢になればバクテロイデスやファーミキューテスも腸内環境を良くする方向に働き、逆に悪玉菌が優勢になれば腸内環境を悪くする方向に働くことになります。
健康な状態の腸内には、100種類以上、総数100兆個もの腸内細菌が住み着いています。これらの中には、人体にとって良い影響を及ぼす細菌（＝善玉菌）と悪い影響を及ぼす細菌（＝悪玉菌）、善玉菌と悪玉菌の強い方に加勢する細菌（＝日和見菌）とが混在しています。
これらはバランスを保って共棲しており、「腸内フローラ」と呼ばれる一種の生態系を形成しています。
健康であれば、善玉菌が優勢です。善玉菌は腸の働きを活性化させるほか、ビタミンを合成して栄養不足を補うような働きまでしています。ところが腸内環境のバランスが崩れ、悪玉菌が優勢となってしまうと、腸の働きは鈍くなり、便秘の原因となります。
上述の通り腸内細菌には、善玉菌、悪玉菌、そして日和見菌の3種類があり、それぞれ以下のような働きをしています。
人体に良い影響を与えてくれる腸内細菌の総称です。消化・吸収を助ける働きや、消化管の機能向上、免疫を高めるなどの役割を果たしています。
善玉菌は、悪玉菌では利用できないオリゴ糖、乳糖といった糖類によって増殖します。
代表的な善玉菌には、ビフィズス菌、乳酸球菌（ラクトコッカス）、乳酸桿菌（ラクトバチルス）、ガセイ菌、アシドフィルス菌などがあります。
人間は古くから、善玉菌のエサとなるものだけではなく、善玉菌自体が含まれる発酵食品を食べることによって腸内の善玉菌を増やしていました。
しかし、現代はこのような善玉菌を増やす食事を摂取する機会が減り、欧米型の食生活が浸透しているため、意識的に善玉菌を増やす努力が必要になっています。
人体に悪い影響を与えてしまう腸内細菌の総称です。発がん性物質や腸内に炎症を起こす物質を生成したり、ガスを発生させたりします。
代表的な悪玉菌としては、大腸菌、ウェルシュ菌、ブドウ球菌などがあります。
悪玉菌が増加すると、腸の働きが鈍り、便秘、下痢、肌荒れなどを引き起こすほか、アレルギーや大腸がんなど様々な健康リスクが高まります。
悪玉菌は、動物性脂肪や動物性タンパク質を含む肉類などを多く摂取すると増殖します。現代の日本では、どうしても悪玉菌を増殖させる食事が多くなりがちですので、意識的に悪玉菌を減らし、善玉菌を増やす食生活を心掛ける必要があります。
人体に良い影響も悪い影響も与える可能性のある腸内細菌の総称です。いわゆる中立な立場ではなく、優勢な側に加勢をする菌なので、日和見菌と呼ばれています。
代表的な日和見菌には、バクテロイデス、クロストリジウム、ユクバクテリウム、嫌気性連鎖球菌などが代表的な日和見菌です。